肾积水一般分为先天性和后天性两种原因：
1.先天性肾积水：因先天异常发育引发的肾积水，常见因素如下：
(1)输尿管内在性狭窄：在肾盂输尿管交界处为多发区，一般为1～2mm的狭窄段，也可达1～3cm，有继发性扭曲和不完全的梗阻产生，肌肉细胞因此而受到损害，形成了以胶原纤维为主的无弹性的狭窄段，阻碍尿液正常流通而形成肾积水。
(2)输尿管呈高位开口：可因肾盂周围纤维化、也可为先天性或膀胱输尿管回流等引起肾盂无症状扩张，使肾盂输尿管交界部位出现向上移动，引发肾积水。
(3)输尿管瓣膜样结构、扭曲或粘连束带可引发肾积水。此可为先天性也可能为后天获得，常发生在肾盂输尿管交界处、输尿管腰段，儿童与婴儿几乎占2/3。
(4)异位的肾门血管被异位血管压迫可引发肾积水。
(5)输尿管先天性囊肿、异位也可引发肾积水。
(6)节段性的无功能：由于肾盂输尿管交界处或上段输尿管有节段性的肌肉缺如、发育不全或解剖结构紊乱，影响了此段输尿管的正常蠕动，造成动力性的梗阻。此种病变如发生在输尿管膀胱入口处，则形成先天性巨输尿管，后果为肾、输尿管扩张与积水。
(7)其他：先天性输尿管异位、囊肿、双输尿管等。
2.后天性肾积水：继发于肾脏疾病，常见因素如下：
(1)尿路结石：结石可发生在肾盏、肾盂、输尿管、膀胱、尿道等部位，结石的脱落可造成输尿管梗阻，引发肾积水。
(2)输尿管梗阻：输尿管因膀胱输尿管回流而造成扭曲，再加上输尿管周围纤维化后导致的输尿管或肾盂输尿管交界处的梗阻，可引发肾积水。
(3)邻近器官病变压迫或侵犯，如输尿管和肾盂的息肉、肿瘤(如膀胱癌、尿道癌)等新生物，也可以造成下尿路梗阻，引发肾积水。
(4)炎症后或缺血性的瘢痕导致局部固定。
